林业局内设一级机构5个，直属二级机构5个，虚设机构9个 。一级机构分别是：办公室、财务股、人事股、营林股、林政股。直属二级机构分别是：森林公安局、林业技术推广站、森林病虫害防治检疫站、太清宫木材检查站、林科所。虚设机构分别是：目标办、计生办、妇联、信访监察室、安全办、综治办、绿化费征管办、林场管理办、产业办。
1、办公室。协调局机关政务工作，负责重要文件的起草、重要会议的组织，承担文秘、档案、信访、机要、保密、安全保卫、宣传、信息和后勤服务工作。
2、营林股（鹿邑县绿化委员会办公室）。制定全县造林绿化、防沙治沙、经济林发展规划并组织实施；拟定全县林业及其生态建设的中长期规划与年度计划并监督实施；组织、指导全县林业及其生态建设的生态补偿制度的建立和实施；指导全县林木种苗、国有林场、苗圃花卉的生产经营；指导各类公益林和商品林的培育；组织协调做好全民义务植树活动。承担鹿邑县绿化委员会办公室的具体工作。
3、林政股。制定全县林业资源调查规划并组织实施；负责全县林业资源统计和动态监测工作；监督造林营林的检查验收工作；组织编制全县林木采伐限额；督办查处盗伐、滥伐林木的案件；查处非法收购、运输木材及产品案件；查处非法征占用林地案件；纠查基层林业资源管理人员的违法违纪行为；负责全县林地、林权管理；负责全县征用、占用林地的初审和林地的开发利用的监督；指导木材检查站的工作；归口管理全县林业法制工作；依法受理林业行政案件的复议和应诉工作；监督、指导陆生野生动植物资源的保护与合理开发利用；组织协调森林公园、湿地的有关管理工作；监督管理全县陆生野生动植物猎捕或采集、驯养繁殖或培植、经营利用及其专用标识、疫源疫病监督；负责组织全县陆生野生动植物有关法规、法律、政策的宣传；掌握全县森林火情，发布森林火险和火灾信息，协调指导重特大森林火灾扑救工作；承办县政府护林防火指挥部的具体工作。
4、人事股。负责局机关和直属单位的人事、机构编制和法人登记管理工作， 负责局机关及直属单位离退休人员的管理与服务工 作，制定并组织实施全县林业人才培训和教育发展规划，负责 机关及直属单位的党群工作。
5、财务股。编制和组织实施部门预算，提出县级财政林业专项转移支付资金的预算建议；管理监督县级林业资金；审核重点林业建设项目，提出县级林业固定资产投资规模建议，编制全县林业及其生态建设年度计划；管理各项林业拨款、专项资金及其他资金；指导全县林业系统财务、统计和林业基金的管理工作；承担机关财务和国有资产管理工作；负责统计信息工作。
6、森林公安局。贯彻上级森林公安机关部署的统一行动和专项斗争，负责本行政区域内打击破坏森林及野生动植物资源的违法犯罪活动，查处破坏森林及野生动植物资源案件，负责查处由林业主管部门授权查处的林业行政案件。
7、鹿邑县林业技术推广站。负责全县林业技术推广工作；指导乡镇林业管理技术服务站的技术工作；从事林业技术培训与技术服务工作；承担上级业务部门科研项目，搞好技术协作，开展林业新技术的示范推广工作；负责林木种苗的培育工作，指导全县林业育苗生产；负责工程造林项目的论证及各种长远规划、试验方案的规划、典型设计、方案实施工作；指导经济林生产，合理发展经济林，搞活农村经济。
8、鹿邑县森林病虫防治检疫站。（1）负责林木病虫害的预测预报工作。搞好全县范围内主要林木病虫害的预测预报，设立固定和临时测报站，按部颁标准和省、地有关规定，常年开展虫情调查和中短期预报，坚持"三、六、九"上报制度。（2）负责林木病虫害的防治工作。全面掌握主要林木病虫害在全县发生和分布状况，认真贯彻落实《森林病虫害防治条例》，积极组织协调全县防治工作，搞好技术服务，控制林木病虫危害。（3）森林植物检疫。宣传贯彻执行《植物检疫条例》和省部实施细则，严格产地检疫和调运检疫，加强检疫员的业务培训和管理，严格行政执法。
9、鹿邑县太清宫木材检查站。依法对木材、竹材及其半成品，大宗制品的运输实施检查，如果检查人员直观发现需要检查的松香、野生动植物，也可以进行检查；查验县以上林业主管部门核发的木材运输证、松香运输证、野生动物运输许可证和森林植物检疫证。
10、林科所。负责林业技术的科研、示范、推广和应用工作。